| # | Title | Artist | Rating | Length |
|---|
| 1 | メトロイドフュージョン アレンジバージョン | 細江慎治 | 4 | 5:19 |
| 2 | タイトル | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:18 |
| 3 | セクター1(SRX)SR388再現エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 2:51 |
| 4 | 環境音(静寂1) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:46 |
| 5 | 環境音(緊張) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:42 |
| 6 | 環境音(衝撃) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:28 |
| 7 | 巨大生命反応へ向かえ | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:47 |
| 8 | 対決前緊張 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:39 |
| 9 | VS.マルカラ | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:30 |
| 10 | X侵入発覚 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:24 |
| 11 | ナビゲーションルーム | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:48 |
| 12 | VS.コアX、鳥人像第二形態 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:08 |
| 13 | 環境音(不穏) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:38 |
| 14 | セクター2(TRO)熱帯エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:34 |
| 15 | VS.ザザビー、バリアコアX | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:45 |
| 16 | 環境音(静寂2) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:05 |
| 17 | セクター4(AQA)水位制御エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 4:23 |
| 18 | VS.イシュタル、ゲドゥ | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 4 | 1:43 |
| 19 | セクター3(PYR)高温地帯エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 2:09 |
| 20 | VS.ボクス | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:48 |
| 21 | セクター6(NOC)暗闇エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 2:59 |
| 22 | SA-X出現 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:39 |
| 23 | セクター5(ARC)低温地帯エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:11 |
| 24 | セクター3緊急事態発生 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:32 |
| 25 | セクター3冷却装置回復タイマーミッション | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 2:44 |
| 26 | 環境音(陰謀) | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:57 |
| 27 | VS.鳥人像第一形態 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:47 |
| 28 | VS.ナイトメア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:02 |
| 29 | セクター4(AQA)水中エリア | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 4 | 2:36 |
| 30 | VS.ネオリドリー | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 4 | 0:56 |
| 31 | 最終指令 | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:16 |
| 32 | VS.SA-X | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:36 |
| 33 | ステーション脱出タイマーミッション | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 4 | 0:56 |
| 34 | エピローグ | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 1:15 |
| 35 | エンディング | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 3:19 |
| 36 | 登場ジングル | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:07 |
| 37 | アイテム取得ジングル | 濱野美奈子 & 藤原玲 | 3 | 0:08 |
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