| 1974 | Concert Royaux, Nouveaux Concerts, L'Apothéose de Corelli, L'Apothéose de Lully, Sonatas "La Superbe", "La Steinquerque", "La Sultane" | François Couperin; Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken& Bart Kuijken | | 1 |
| 1979 | Six Trios op. 38 for Transverse Flute, Violin and Violoncello | Joseph Haydn; Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken | | 2 |
| 1982 | The Flute Quartets | Wolfgang Amadeus Mozart; Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Lucy van Dael, Wieland Kuijken | | 2 |
| 1984 | Leçons de Ténèbres | Couperin; René Jacobs, Vincent Darras, William Christie, Wieland Kuijken,Konrad Junghänel | | 1 |
| 1984 | The Complete Flute Sonatas | Jean‐Marie Leclair; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 1985 | Musical Offering | J.S. Bach Gustav Leonhardt, Conductor & Harpsichordist Barthold Kuijken * Sigiswald Kuijken * Wieland Kuijken * Robert Kohnen | | 1 |
| 1986 | Six Trios For Transverse Flute, Violin And Violoncello - Volume II | Joseph Haydn; Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken | | 1 |
| 1987 | Concerts Royaux | Couperin; Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken, Barthold Kuijken | | 1 |
| 1987 | Pièces de viol du cinquième livre | Marin Marais; Wieland Kuijken, Kaori Uemura, Robert Kohnen | | 2 |
| 1989 | Concerts Royaux 1-4 | Couperin; Sigiswald Kuijken, Bart Kuijken, Wieland Kuijken | | 1 |
| 1991 | German Chamber Music | Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken & Robert Kohnen | | 1 |
| 1991 | Flute Sonatas | George Frideric Händel; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 1991 | Italian Flute Sonatas | Corelli, Geminiani, Veracini, Locatelli, Albinoni, Vivaldi, Platti; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 1992 | Concerts à deux violes esgales du Sieur de Sainte Colombe | Jean de Sainte-Colombe; Jordi Savall, Wieland Kuijken | | 3 |
| 1992 | Late French Viol Music | A. Forqueray, Ch. Dollé; W. Kuijken, S. Kuijken, R. Kohnen | | 1 |
| 1992 | Music for a While / O Solitude | Henry Purcell; Alfred Deller, Wieland Kuijken, William Christie, Roderick Skeaping | | 4 |
| 1993 | Pieces de clavecin en concerts | Jean‐Philippe Rameau; Frans Brüggen, Gustav Leonhardt, Wieland Kuijken, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 1994 | Viola da Gamba Solo Recital | Abel, Ortiz, Schenck, Telemann, Simpson, Hume; Wieland Kuijken | | 1 |
| 1994 | "Sonate Metodiche" 1728 / 1732 | Georg Philipp Telemann; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 1995 | Musicalisches Opfer / Musical Offering BWV 1079 | Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken & Robert Kohnen | | 1 |
| 1997 | Paris Quartets 1-12 | Georg Philipp Telemann; Barthold Kuijken, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken, Gustav Leonhardt | | 1 |
| 2003 | Concerts Royaux | François Couperin; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 2004 | Flute Quartets | François Devienne; Barthold Kuijken, Ryo Terakado, Sara Kuijken, Wieland Kuijken | | 1 |
| 2004 | 6 Suites à Violoncello Solo / Sonate à Cembalo è Viola da Gamba | Johann Sebastian Bach; Wieland Kuijken, Piet Kuijken | 4 | 1 |
| 2005 | Music In Versailles | Gustav Leonhardt, Sigiswald Kuijken, Wieland Kuijken | | 1 |
| 2005 | Twelve Trios for Transverse Flute, Violin & Violoncello | Joseph Haydn; Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 2006 | Semele – Ouverture et Danses | Marin Marais; Montréal Baroque & Wieland Kuijken | | 1 |
| 2007 | French and Italian Flute Music of the 18th Century | Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| 2013 | Le Nymphe di Rheno | Johannes Schenck; Wieland Kuijken, François Joubert-Caillet | | 2 |
| 2015 | Dialogues – Les suites pour deux violes et basse continue | Marin Marais; Mieneke van der Velden, Wieland Kuijken, Fred Jacobs | | 1 |
| — | 3 Sonaten/Sonatas/Sonates BWV 1027-1029 | Johann Sebastian Bach, Wieland Kuijken & Gustav Leonhardt | | 1 |
| — | Duetti e cantate | George Frideric Handel; Wieland Kuijken, René Jacobs, Judith Nelson, William Christie & Konrad Junghänel | | 1 |
| — | French Flute Music of the Eighteenth Century | Barthold Kuijken, Wieland Kuijken, Robert Kohnen | | 1 |
| — | Leçons du Mercredy Sainct | Marc‐Antoine Charpentier; Judith Nelson, Anne Verkinderen, René Jacobs, William Christie, Wieland Kuijken, Konrad Junghänel, Concerto Vocale | | 2 |
| — | Leçons du Vendredy Sainct | Marc‐Antoine Charpentier; Concerto Vocale, Judith Nelson, Anne Verkinderen, René Jacobs, Wieland Kuijken, Adelheid Glatt, William Christie, Konrad Junghänel | | 1 |
| — | Songs from Orpheus Britannicus | Henry Purcell; Agnès Mellon, Christophe Rousset, Wieland Kuijken | | 1 |
