| 1983 | London Symphony Orchestra, Vol. I | Zappa; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | 4 | 2 |
| 1987 | London Symphony Orchestra, Vol. II | Zappa; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 2 |
| 1990 | The Yellow Pages / Rust / Vanada / Slate / Adjustable Wrench | Michael Torke; London Sinfonietta, Nagano, Miller | | 1 |
| 1992 | Coppélia (Highlights) | Léo Delibes; Orchestre de l’Opéra de Lyon & Kent Nagano | | 1 |
| 1992 | The Death of Klinghoffer | John Adams, Alice Goodman; Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 1992 | Dialogues des Carmélites | Poulenc; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1992 | La Bœuf sur le toit | Darius Milhaud; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano, Frédérique Cambreling | | 1 |
| 1993 | Daphnis et Chloé | Ravel; London Symphony Orchestra & Kent Nagano | | 1 |
| 1993 | Arlecchino / Turandot | Busoni; Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1993 | L'Œuvre de Edgar Varèse, Volume 1: 1920-1927 | Edgard Varèse; Phyllis Bryn‐Julson, Orchestre National de France, Kent Nagano | | 2 |
| 1993 | Prokofieff: Peter & der Wolf / Poulenc: Die Geschichte von Barbar, dem kleinen Elefanten | Prokofieff, Francis Poulenc, Marius Müller‐Westernhagen, Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1994 | Peter and the Wolf | Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon, narrated by Patrick Stewart | | 2 |
| 1994 | Susannah | Carlisle Floyd; Cheryl Studer, Samuel Ramey, Jerry Hadley, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | La Damnation de Faust | Berlioz; Susan Graham, Thomas Moser, José van Dam, Orchestre et Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | Violin Concertos | Shostakovich, Prokofiev; Vadim Repin, Hallé Orchestra, Kent Nagano | | 2 |
| 1995 | Rodrigue et Chimène | Debussy; Brown, Dale, Van Dam, Bastin, Le Texier, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1995 | Valses nobles et sentimentales / Rapsodie espagnole / Menuet antique / La valse | Ravel; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 1996 | Les Contes D'Hoffmann | Offenbach; Roberto Alagna, José van Dam, Natalie Dessay, Sumi Jo, Leontina Vaduva, Juanita Lascarro, Catherine Dubosc, Michel Sénéchal, Gabriel Bacquier, Gilles Ragon, Chœur Et Orchestre De L'Opéra De Lyon Et Kent Nagano | | 3 |
| 1997 | Die sieben Todsünden / Symphony No.2 | Kurt Weill; Teresa Stratas, Kent Nagano | | 1 |
| 1997 | Sole e amore: Puccini Arias | Giacomo Puccini; Kiri Te Kanawa, Orchestre de l’opéra national de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 1997 | Der Bürger als Edelmann / Ariadne auf Naxos | Richard Strauss; Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 1997 | Canteloube: Chants d'Auvergne / Emmanuel: Chansons bourguignonnes | Canteloube, Emmanuel; Dawn Upshaw, Kent Nagano, Orchestre de l’Opéra National de Lyon | | 1 |
| 1997 | L'Œuvre de Edgar Varèse, Volume 2: 1925-1961 | Edgard Varèse; Bryn-Julson, Isherwood, Pierlot, Orchestre National de France, Kent Nagano | | 1 |
| 1997 | Werther | Jules Massenet; Jerry Hadley, Anne Sofie von Otter, Dawn Upshaw, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
| 1998 | Das klagende Lied | Mahler; Urbanová, Rappé, Blochwitz, Hagegård, Hallé Orchestra & Choir, Kent Nagano | | 2 |
| 1998 | Stravinsky Petrushka & Bartok The Miraculous Mandarin | Kent Nagano, London Symphony Orchestra | | 1 |
| 1999 | Le Carnaval d'Aix / Le Boeuf sur le toit / La Creátion du monde / Concertos pour piano / Concerto pour harpe | Milhaud, Claude Helffer, Orchestre national de France, David Robertson, Frédérique Cambreling, Orchestre de l’Opéra de Lyon, Nagano | | 1 |
| 1999 | Saint François d'Assise | Olivier Messiaen; Arnold Schoenberg Chor, Hallé Orchestra, Kent Nagano, José van Dam, Dawn Upshaw | 5 | 1 |
| 1999 | Three Sisters | Eötvös; Lyon Opera Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 1999 | Double Concerto / Two Portraits / Young Apollo / Sinfonietta | Benjamin Britten; Kent Nagano, Yuri Bashmet, Gidon Kremer, Nikolai Lugansky | | 2 |
| 1999 | Lalo: Symphonie espagnole / Chausson: Poème / Ravel: Tzigane | Lalo, Chausson, Ravel; Vadim Repin, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2000 | A White House Cantata | Bernstein; Thomas Hampson, June Anderson, Barbara Hendricks, Kenneth Tarver, London Voices, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 2 |
| 2000 | L'Oiseau de Feu | Stravinsky; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2001 | Werke für Klarinette und Viola | Bruch; Paul Meyer, Gérard Caussé, François‐René Duchâble, Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 2001 | El Niño | John Adams; Lorraine Hunt Lieberson, Dawn Upshaw, Willard White, Kent Nagano | | 1 |
| 2001 | Chants d'Auvergne | Joseph Canteloube; Orchestre de l'Opéra de Lyon, Kent Nagano, Dawn Upshaw | 5 | 1 |
| 2001 | Turangalîla-Symphonie | Olivier Messiaen; Berliner Philharmoniker, Kent Nagano, Pierre‐Laurent Aimard, Dominique Kim | | 1 |
| 2003 | Serge Prokofiev: Peter and the Wolf / Jean-Pascal Beintus: Wolf Tracks | Serge Prokofiev, Jean-Pascal Beintus; Russian National Orchestra, Kent Nagano, Bill Clinton, Mikhail Gorbachev & Sophia Loren | | 1 |
| 2003 | Chopin: Piano Concerto no.2 / Loewe: Piano Concerto no. 2 | Frederic Chopin, Carl Loewe; Mari Kodama, Russian National Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2003 | Violin Concerto in D major, Op. 35 / Piano Concerto No. 1 | Tchaikovsky; Christian Tetzlaff, Nikolai Lugansky, Russian National Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2004 | Valses nobles et sentimentales / Rapsodie espagnole / Menuet antique / La Valse / Bolero | Ravel; London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2004 | Die Jakobsleiter / Friede auf Erden | Schönberg; Rundfunkchor Berlin, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2004 | Symphonie nº 3 | Bruckner; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | 5 | 2 |
| 2005 | Symphony no. 8 | Gustav Mahler; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 2 |
| 2005 | Varèse: Amériques; Offrenades; Hyperprism; Octandre; Arcana; Etc. | Kent Nagano | | 1 |
| 2005 | Prometheus: Orchesterlieder | Hugo Wolf; Juliane Banse, Dietrich Henschel, Rundfunkchor Berlin, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2007 | Berlioz: Nuits d’été / Ravel: Shéhérazade / Cinq mélodies populaires grecques | Berlioz, Ravel; Bernarda Fink, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2008 | Boldemann / Gefors / Hillborg | Boldemann, Gefors, Hillborg; Anne Sofie von Otter, Gothenburg Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2008 | Ideals of the French Revolution | Beethoven; Kent Nagano, Orchestre Symphonique De Montreal | | 1 |
| 2009 | Piano Concertos nos. 1 & 2 | Ludwig van Beethoven; Mari Kodama, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Symphony No. 4 | Anton Bruckner; Bayerisches Staatsorchester, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Das Lied von der Erde | Mahler; Klaus Florian Vogt, Christian Gerhaher, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | L’Amour de loin | Kaija Saariaho; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2009 | Rocaná / Violin Concerto | Unsuk Chin; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Viviane Hagner | | 1 |
| 2010 | Mendelssohn: Die erste Walpurgisnacht / Brahms: Nänie / Schumann: Der Königssohn | Felix Mendelssohn, Johannes Brahms, Robert Schumann, Kent Nagano, Bayerisches Staatsorchester, Simone Schröder, Burkhard Fritz, Detlef Roth, Franz-Josef Selig | | 1 |
| 2010 | Piano Concertos nos. 4 and 5 | Ludwig van Beethoven; Till Fellner, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2010 | The Rake's Progress | Igor Stravinsky; Kent Nagano; Orchestre de l’Opéra de Lyon | 5 | 1 |
| 2011 | L’Amour des Trois Oranges | Prokofiev; Catherine Dubosc, Gabriel Bacquier, Jean-Luc Viala, Orchestre et Chœur de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 2 |
| 2011 | In the Breath of Time: Symphonies Nos. 6 & 8; Grosse Fuge | Ludwig van Beethoven; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2012 | Rachmaninov: Concerto nº 4 (1926) / Scriabine: Prométhée | Sergueï Rachmaninov, Alexander Scriabine; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Alain Lefèvre | | 2 |
| 2012 | Schumann: Konzertstück für 4 Hörner / Wagner: Siegfried-Idyll / Strauss: Metamorphosen | Robert Schumann, Richard Wagner, Richard Strauss; Bayerisches Staatsorchester & Kent Nagano | | 1 |
| 2012 | Bruckner: Symphony no. 6 | Anton Bruckner; Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin; Kent Nagano | 5 | 1 |
| 2013 | Orchesterlieder | Mahler; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Christian Gerhaher | 5 | 2 |
| 2013 | Piano Concertos | Grieg, Prokofiev; Nikolai Lugansky, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2013 | Christus am Ölberge (Le Christ au Mont des Oliviers) | Ludwig van Beethoven; Placido Domingo, Luba Orgonasova, Andreas Schmidt, Rundfunkchor Berlin, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2013 | Doktor Faust | Busoni; Kent Nagano | 5 | 1 |
| 2014 | Symphonies nos. 1 and 7, "Departure - Utopia" | Beethoven; Orchestre Symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2014 | Shoka: Japanese Children Songs | Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano, Diana Damrau & Chœur des enfants de Montréal | | 2 |
| 2014 | Triple Concerto / Piano Concerto no. 3 | Beethoven; Mari Kodama, Kolja Blacher, Johannes Moser, Deutsches Symphonie‐Orchester Berlin, Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Concertos Français pour trompette | Tomasi, Désenclos, Jolivet; Paul Merkelo, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Persephone | Kent Nagano | | 1 |
| 2015 | Symphonie et créations pour orgue et orchestre | Camille Saint‐Saëns, Samy Moussa, Kaija Saariaho; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2016 | Danse macabre | Saint‐Saëns, Mussorgsky, Dukas, Dvořák, Balakirev, Ives; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 3 |
| 2017 | Milhaud: Concerto no. 1 / Honegger: Concerto / Hoddinott: Noctis equi | Darius Milhaud, Arthur Honegger, Alun Hoddinott; Mstislav Rostropovitch, London Symphony Orchestra, Kent Nagano | | 1 |
| 2018 | Ein Heldenleben / Tod und Verklärung | Richard Strauss; Kent Nagano, Göteborgs Symfoniker | | 1 |
| 2018 | A Quiet Place | Leonard Bernstein; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2019 | The John Adams Album | John Adams; Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 2 |
| 2020 | Works for Violin and Orchestra | Ginastera, Bernstein, Moussa; Andrew Wan, Orchestre symphonique de Montréal, Kent Nagano | | 1 |
| 2021 | Poèmes pour mi / Chronochrome / La Transfiguration de Notre Seigneur Jésus-Christ | Messiaen; Jenny Daviet, Pierre‐Laurent Aimard, Chor des Bayerischen Rundfunks, Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks, Kent Nagano | | 1 |
| 2024 | Double & Triple Piano Concertos | Mozart, Poulenc; Mari Kodama, Momo Kodama, Karin Kei Nagano, Orchestre De La Suisse Romande, Kent Nagano | | 2 |
| — | Coppélia | Léo Delibes; Orchestre de l’Opéra de Lyon, Kent Nagano | | 1 |
