| 2005 | Liederkreis, op. 24 / Dichterliebe | Schumann; Thomas E. Bauer, Uta Hielscher | | 1 |
| 2005 | Liebesfrühling / Minnespiel / Wilhelm Meister Lieder | Schumann; Thomas E. Bauer, Susanne Bernhard, Uta Hielscher | | 1 |
| 2006 | Lied Edition 22 - Poets of Sensibility, Vol. 5 | Franz Schubert; Marcus Ullmann, Ulrich Eisenlohr, Lydia Teuscher & Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2007 | Album of Songs for the Young / Lieder and Songs I, op. 27 | Schumann; Sibylla Rubens, Stefanie Irányi, Thomas E. Bauer, Uta Hielscher | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 32 - Part Songs, Vol. 1 | Franz Schubert; Ulrich Eisenlohr, Sibylla Rubens, Regina Jakobi, Marcus Ullmann, Marcus Schmidl, Ingeborg Danz, Silke Schwarz, Markus Flaig, Markus Schäfer & Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2009 | Winterreise | Franz Schubert; Thomas E. Bauer & Jos van Immerseel | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 33 - Part Songs, Vol. 2 | Franz Schubert; Sibylla Rubens, Silke Schwarz, Regina Jakobi, Ingeborg Danz, Ulrich Eisenlohr, Marcus Ullmann, Markus Schäfer & Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2009 | Lied Edition 34 - Part Songs, Vol. 3 | Franz Schubert; Markus Schäfer, Marcus Ullmann, Thomas E. Bauer, Marcus Schmidl & Ulrich Eisenlohr | | 1 |
| 2011 | Myrthen / Sechs Gedichte und Requiem | Schumann; Andrea Lauren Brown, Thomas E. Bauer, Uta Hielscher | | 1 |
| 2011 | Missa Da Requiem | Johann Christian Bach: Lenneke Ruiten, Ruth Sandhoff, Colin Balzer, Thomas E. Bauer, RIAS-Kammerchor & Akademie Für Alte Musik Berlin | | 1 |
| 2013 | Liederkreis, op. 39 | Schumann; Thomas E. Bauer, Uta Hielscher | | 1 |
| 2014 | Ein deutsches Requiem | Johannes Brahms;Christiane Libor,Thomas E. Bauer,Chór Filharmonii Narodowej,Orkiestra Symfoniczna Filharmonii Narodowej,Antoni Wit | | 1 |
| 2014 | Carmina Burana | Carl Orff; Y. Suh, Y. Saelens, T. Bauer, Anima Eterna Brugge, Collegium Vocale Gent, Cantate Domino, Jos van Immerseel | | 2 |
| 2015 | Markuspassion | Reinhard Keiser; Ensemble Jacques Moderne, Gli Incogniti, Amandine Beyer, Jan Kobow, Thomas E. Bauer, Joël Suhubiette | | 1 |
| 2018 | Christmas Oratorio | Johann Sebastian Bach; Georg Poplutz, Julia Kleiter, Katharina Magiera, Thomas E. Bauer, Bachchor Mainz, Bachorchester Mainz, Ralf Otto | | 1 |
| 2018 | Symphony 9 | Beethoven; Giovanni Antonini, Kammerorchester Basel, NFM Choir, Regula Mühlemann, Marie‐Claude Chappuis, Maximilian Schmitt, Thomas E. Bauer | | 1 |
| 2021 | Lieder von Nacht und Traum / Kammerkonzert | Alexander Zemlinsky; Thomas E. Bauer, Daniel Grossmann, Jewish Chamber Orchestra Munich | | 1 |
| 2022 | Christus am Ölberge | Beethoven; Sebastian Kohlhepp, Eleanor Lyons, Thomas Bauer, Collegium Vocale Gent, Orchestre des Champs‐Élysées, Philippe Herreweghe | | 1 |
