| Le Berger Fidèle, Thétis & pièces en concerts | Jean‐Philippe Rameau; Karine Deshayes, Alain Buet, Benjamin Lazar, Les Musiciens de Monsieur Croche | CD | 16 | | Alpha Productions | ALPHA 067 | 3760014190674 |
| Fauré: Pelléas et Mélisande, Élégie & Mélodies / Wagner: Siegfried-Idyll | Fauré, Wagner; Karine Deshayes, François Salque, Orchestre de l’Opéra de Rouen Haute Normandie, Oswald Sallaberger | CD | 13 | | Zig-Zag Territoires | ZZT300 | 3760009293007 |
| Boléro, La Valse, Shéhérazade… | Ravel; Orchestre Philharmonique du Luxembourg, Emmanuel Krivine, Karine Deshayes | CD | 8 | | Zig-Zag Territoires | ZZT311 | 3760009293113 |
| Dies Irae / Une Journée / Psaume 132 | Martial Caillebotte; Michel Piquemal, Karine Deshayes, Clémentine Margaine, Philippe Do, Chœur régional Vittoria d'Île-de-France, Orchestre Pasdeloup | CD | 21 | | Éditions Hortus | HORTUS 117 | 3487720001178 |
| Après un rêve | Karine Deshayes, Ensemble Contraste | CD | 14 | | Aparté | AP106 | 3149028059823 |
| Après un rêve | Karine Deshayes, Ensemble Contraste | Digital Media | 15 | | Aparté | | |
| Herculanum | Félicien David; Véronique Gens, Karine Deshayes, Edgaras Montvidas, Nicolas Courjal, Flemish Radio Choir, Brussels Philharmonic, Hervé Niquet | 2×CD | 33 + 24 | | Palazzetto Bru Zane | ES 1020 | 9788460684398 |
| Uthal | Étienne-Nicolas Méhul; Karine Deshayes, Yann Beuron, Jean-Sébastien Bou, Sébastien Droy, Philippe-Nicolas Martin, Les Talens Lyriques, Chœur de Chambre de Namur, Christophe Rousset | CD | 22 | | Palazzetto Bru Zane | ES 1026 | 9788461755486 |
| Pergolesi : Stabat Mater | Giovanni Battista Pergolesi, Francesco Mancini, Francesco Durante; Sonya Yoncheva, Karine Deshayes, Ensemble Amarillis | CD | 20 | | Sony Classical | | 889853696420 |
| Complete Works for String Quartet, Vol. 1 | Henri Marteau; Isasi Quartet, Karine Deshayes | CD | 12 | | Classic Produktion Osnabrück | 555 128-2 | 761203512829 |
| Gounod: Saint François d’Assise / Liszt: Légende de Sainte Cécile | Gounod; Liszt; Orchestre de chambre de Paris, Accentus, Laurence Equilbey, Stanislas de Barbeyrac, Florian Sempey, Karine Deshayes | CD | 4 | | naïve | V5441 | |
| L’Opéra des Opéras | Karine Deshayes, Katherine Watson, Reinoud Van Mechelen, Le Concert Spirituel, Hervé Niquet | Digital Media | 33 | | Alpha Classics | ALPHA 442 | 3760014194429 |
| Tarare | Antonio Salieri; Dubois, Deshayes, Bou, Van Wanroij, De Hys, Christoyannis, Boutillier, Martin, Les Chantres de la Chapelle de Versailles, Les Talens Lyriques, Christophe Rousset | CD | 62 | | Aparté | AP208 | 5051083143509 |
| Tarare | Antonio Salieri; Les Talens Lyriques, Christophe Rousset, Dubois, Deshayes, Bou, van Wanroij, de Hys, Christoyannis, Boutillier, Martin, Les Chantres du Centre de Musique Baroque de Versailles | Digital Media | 62 | | Aparté | AP208 | 3149028131444 |
| Offenbach: Fables de la Fontaine | Offenbach; Karine Deshayes, Orchestre de l’Opéra de Rouen Normandie, Jean-Pierre Haeck | Digital Media | 14 | | Alpha Classics | ALPHA 553 | 3760014195532 |
| Offenbach: Fables de la Fontaine | Offenbach; Karine Deshayes, Orchestre de l’Opéra de Rouen Normandie, Jean-Pierre Haeck | CD | 14 | | Alpha Classics | ALPHA 553 | 3760014195532 |
| Alexandre Dumas et la musique | Karine Deshayes, Marie-Laure Garnier, Kaëlig Boché, Raphaël Jouan, Alphonse Cemin | CD | 17 | | Alpha Classics | ALPHA 657 | 3760014196577 |
| Alexandre Dumas et la musique | Karine Deshayes, Marie-Laure Garnier, Kaëlig Boché, Raphaël Jouan, Alphonse Cemin | Digital Media | 17 | | Alpha Classics | ALPHA 657 | 3760014196577 |
| Sisters: Complete Piano Works | Lili Boulanger, Nadia Boulanger; Johan Farjot, Karine Deshayes | CD | 13 | | Klarthe Records | KLA124 | 3760330960395 |
| Une prière | Karine Deshayes, Pierre Génisson, Deborah Nemtanu, Sarah Nemtanu, Ensemble Contraste, Johan Farjot, Antoine Pierlot, Arnaud Thorette | Digital Media | 12 | | Alpha Classics | ALPHA 763 | 3760014197635 |
| Complete Works for String Quartet, Vol. 3 | Henri Marteau; Isasi Quartet, Karine Deshayes | CD | 12 | | Classic Produktion Osnabrück | 555130-2 | 761203513024 |
| Thésée | Jean‐Baptiste Lully; Les Talens Lyriques, Christophe Rousset, Mathias Vidal, Karine Deshayes, Déborah Cachet, Marie Lys, Bénédicte Tauran, Thaïs Raï-Westphal, Robert Getchell, Fabien Hyon, Philippe Estèphe, Guilhem Worms & Chœur de Chambre de Namur | 3×CD | 35 + 24 + 25 | | Aparté | AP325 | 5051083190459 |
| Thésée | Jean‐Baptiste Lully; Les Talens Lyriques, Christophe Rousset, Mathias Vidal, Karine Deshayes, Déborah Cachet, Marie Lys, Bénédicte Tauran, Thaïs Raï-Westphal, Robert Getchell, Fabien Hyon, Philippe Estèphe, Guilhem Worms & Chœur de Chambre de Namur | 3×Digital Media | 35 + 24 + 25 | | Aparté | | 3149028145670 |
| Exsultate, jubilate! | Mozart; Karine Deshayes, Les Paladins, Jérôme Corréas | Digital Media | 15 | | Aparté | AP327 | 3149028145694 |
| La Bonne Chanson op. 61 / Quatuor avec piano op. 15 | Gabriel Fauré; Karine Deshayes, Ensemble Contraste | Digital Media | 13 | | Zig-Zag Territoires | | 3760009292437 |
| Fausto | Louise Bertin; Karine Deshayes, Karina Gauvin, Ante Jerkunica, Nico Darmanin, Marie Gautrot, Diana Axentii, Thibault de Damas, Les Talens Lyriques, Flemish Radio Choir, Christophe Rousset | 2×CD | 20 + 16 | | Palazzetto Bru Zane | BZ 1054 | 8055776010144 |
| Mélodies sur des Poèmes de Victor Hugo | Adèle Hugo, Richard Dubugnon; Karine Deshayes, Sandrine Piau, Isabelle Druet, Axelle Fanyo, Anaïs Constans, Laurent Naouri, Chœur de l’Opéra de Lyon, Orchestre Victor Hugo & Jean-François Verdier | CD | 19 | | Alpha Classics | ALPHA1086 | 3701624510865 |
