| 1996 | Airs d’opéras francais | Natalie Dessay | | 2 |
| 1996 | Die Zauberflöte | Mozart; Mannion, Dessay, Blochwitz, Scharinger, Hagen, Les Arts Florissants, William Christie | | 2 |
| 1996 | Les Contes d'Hoffmann | Offenbach; Roberto Alagna, José van Dam, Natalie Dessay, Sumi Jo, Leontina Vaduva, Juanita Lascarro, Catherine Dubosc, Michel Sénéchal, Gabriel Bacquier, Gilles Ragon, Chœur Et Orchestre De L'Opéra De Lyon Et Kent Nagano | | 4 |
| 1998 | Vocalises | Natalie Dessay, Berliner Sinfonie-Orchester, Michael Schønwandt | | 2 |
| 1998 | Lakmé | Delibes; Natalie Dessay, Gregory Kunde, José van Dam, Chœur & Orchestre du Capitole de Toulouse, Michel Plasson | | 1 |
| 1999 | Mitridate | Mozart; Cecilia Bartoli, Natalie Dessay, Giuseppe Sabbatini, Brian Asawa, Les Talens Lyriques, Christophe Rousset | | 1 |
| 1999 | Le Rossignol | Igor Stravinsky; Natalie Dessay, Orchestre de l’Opéra national de Paris, Chœurs de l’Opéra National de Paris, James Conlon | | 1 |
| 2000 | Mozart - Héroïnes | Mozart; Natalie Dessay, Orchestra of the Age of Enlightenment, Louis Langrée | | 1 |
| 2001 | Orphée aux enfers | Jacques Offenbach; Dessay, Naouri, Fouchécourt, Beuron, Podleś, Petibon, Smith, Gens, Steven Cole, Marc Minkowski | | 1 |
| 2002 | Lucie de Lammermoor | Gaetano Donizetti; Natalie Dessay, Roberto Alagna, Ludovic Tézier, Orchestre National de Lyon & Evelino Pidò | | 2 |
| 2003 | Airs d'opéras français | Natalie Dessay | | 1 |
| 2005 | Concert Arias | Mozart; Natalie Dessay, Theodor Guschlbauer, Orchestre de l’Opéra de Lyon | | 1 |
| 2005 | Delirio | Handel; Natalie Dessay, Emmanuelle Haïm, Le Concert d'Astrée | | 2 |
| 2006 | Mass in C | Mozart; Natalie Dessay, Véronique Gens, Topi Lehtipuu, Luca Pisaroni, Le Concert d'Astrée, Louis Langrée | | 1 |
| 2010 | Symphony no. 2 “Resurrection” | Mahler; Alice Coote, Natalie Dessay, Orfeón Donostiarra, Paavo Järvi, Frankfurt Radio Symphony Orchestra | | 1 |
| 2011 | Cleopatra: Arias from Giulio Cesare | Handel; Natalie Dessay, Le Concert d’Astrée, Emmanuelle Haïm | | 1 |
| 2011 | Ein deutsches Requiem | Johannes Brahms; Frankfurt Radio Symphony Orchestra, Swedish Radio Choir, Paavo Järvi, Natalie Dessay, Ludovic Tézier | | 1 |
| 2011 | Lakmé : Highlights | Delibes; Natalie Dessay, Gregory Kunde, José van Dam, Chœur & Orchestre du Capitole de Toulouse, Michel Plasson | | 1 |
| 2012 | Clair de lune | Debussy; Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 2 |
| 2013 | Entre elle et lui | Natalie Dessay sings Michel Legrand | 3 | 3 |
| 2014 | Rio - Paris | Agnès Jaoui, Helena Noguerra, Liat Cohen & Natalie Dessay | | 2 |
| 2015 | Fiançailles pour rire | Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 1 |
| 2015 | Baroque | Natalie Dessay, Le Concert d’Astrée & Emmanuelle Haïm | | 1 |
| 2016 | Pictures of America | Natalie Dessay, Paris Mozart Orchestra, Claire Gibault | | 1 |
| 2017 | Lieder | Schubert; Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 4 |
| 2017 | Between Yesterday and Tomorrow (The Extraordinary Story of an Ordinary Woman) | Natalie Dessay ⋅ Michel Legrand | 2 | 1 |
| 2019 | Natalie Dessay chante Nougaro | Natalie Dessay | | 1 |
| 2021 | Natalie Dessay à l'opéra | Natalie Dessay | | 1 |
| 2021 | The Proust Album | Shani Diluka, Natalie Dessay, Pierre Fouchenneret, Guillaume Gallienne, Orchestre de chambre de Paris, Hervé Niquet | | 1 |
| 2022 | Mozart à l’opéra | Mozart; Philippe Cassard, Natalie Dessay, Cédric Pescia, Orchestre national de Bretagne | | 1 |
| 2025 | Oiseaux de passage | Natalie Dessay, Philippe Cassard | | 2 |
