| 1997 |
Missa Corporis Christi / Motets |
Johann Joseph Fux; Cordier, Minter, Chum, Mertens, Wiener Akademie, Martin Haselböck |
| 1 |
| 1998 |
Messe BWV 232 h-moll |
Johann Sebastian Bach; Invernizzi, Dawson, Banditelli, Prégardien, Mertens, Coro della Radio Svizzera, Lugano, Sonatori de la Gioiosa Marca, Diego Fasolis |
| 1 |
| 1999 |
Die Auferstehung / De Danske, Norske og Tydske |
Georg Philipp Telemann, Dorothee Mields, Britta Schwarz, Andreas Post, Klaus Mertens, Reinhard Decker, MagdeburgerKammerchor, Telemann-Kammerorchester Michaelstein, Ludger Rémy |
| 1 |
| 1999 |
Weihnachts-Oratorium |
Johann Sebastian Bach; Thomanerchor Leipzig, Gewandhausorchester Leipzig, Barbara Schlick, Christoph Prégardien, Klaus Mertens, Georg Christoph Biller |
| 1 |
| 2000 |
Christmas Oratorio, Cantatas 1 - 5 |
Gottfried Heinrich Stölzel; Britta Schwarz, Henning Voss, Jan Kobow, Klaus Mertens, Weimarer Barock-Ensemble, Ludger Rémy |
| 1 |
| 2002 |
Ein deutsches Requiem |
Johannes Brahms; Siri Karoline Thornhill, Klaus Mertens, Bremer Domchor, Kammer Sinfonie Bremen & Wolfgang Helbich |
| 1 |
| 2003 |
Matthäuspassion 1754: Danziger Passion TWV 5:53 |
Telemann; Martin Klietmann, Klaus Mertens, Kammerchor Cantamus Halle, Männerchor bouquet vocalis halle, Capella Savaria, Pál Németh |
| 1 |
| 2003 |
Vom Sein oder nicht Sein: Notturno, op. 47 / Hamlet-Fragmente |
Othmar Schoeck, Ruth Zechlin; Klaus Mertens, Minguet Quartett |
| 1 |
| 2006 |
Cantatas: Kantaten aus dem Harmonischen Gottesdienst |
Telemann; Klaus Mertens, Ingrid Schmithüsen, Il Concertino Köln |
| 1 |
| 2008 |
Elegie, op. 36 |
Othmar Schoeck; Klaus Mertens, Mutare Ensemble, Gerhard Müller-Hornbach |
| 1 |
| 2009 |
Lobt Gott ihr Christen allzugleich: Baroque Bass Cantatas |
Klaus Mertens, Accademia Daniel, Shalev Ad-El |
| 1 |
| 2012 |
Opera Omnia XVI-Vocal Works: Membra Jesu Nostri |
Dieterich Buxtehude; Ton Koopman, Amsterdam Baroque Orchestra, Amsterdam Baroque Choir, Siri Karoline Thornhill, Dorothee Wohlgemuth, Patrick Van Goethem, Jörg Dürmüller, Klaus Mertens |
| 1 |
| 2014 |
Opera Omnia Works XVIII, Vocal Works 8 |
Dieterich Buxtehude; Ton Koopman, Bettina Pahn, Dorothee Wohlgemuth, Klaus Mertens |
| 1 |
| — |
Christmas Oratorio, Cantatas 6 - 10 |
Gottfried Heinrich Stölzel; Britta Schwarz, Henning Voss, Jan Kobow, Klaus Mertens, Weimarer Barock-Ensemble, Ludger Rémy |
| 1 |