| 1990 | Messe c-moll K. 427 / Kyrie d-moll K. 341 | Mozart; Schlick, Frimmer, Prégardien, Mertens, Kölner Kammerchor, Collegium Cartusianum, Peter Neumann | | 3 |
| 1994 | Der Tod Jesu | Carl Heinrich Graun; Mária Zádori, Márta Fers, Martin Klietmann, Klaus Mertens, Kammerchor Cantamus Halle, Capella Savaria, Pál Németh | | 1 |
| 1996 | Georg Philipp Telemann Christmas Oratorio | Constanze Backes, Mechthild Georg, Andreas Post, Klaus Mertens, Kammerchor Michaelstein, Telemann-Kammerorchester Michaelstein & Ludger Rémy | | 1 |
| 1997 | Missa Corporis Christi / Motets | Johann Joseph Fux; Cordier, Minter, Chum, Mertens, Wiener Akademie, Martin Haselböck | | 1 |
| 1998 | Messe BWV 232 h-moll | Johann Sebastian Bach; Invernizzi, Dawson, Banditelli, Prégardien, Mertens, Coro della Radio Svizzera, Lugano, Sonatori de la Gioiosa Marca, Diego Fasolis | | 1 |
| 1999 | Die Auferstehung / De Danske, Norske og Tydske | Georg Philipp Telemann, Dorothee Mields, Britta Schwarz, Andreas Post, Klaus Mertens, Reinhard Decker, MagdeburgerKammerchor, Telemann-Kammerorchester Michaelstein, Ludger Rémy | | 1 |
| 1999 | Weihnachts-Oratorium BWV 248 | Johann Sebastian Bach; Thomanerchor Leipzig, Gewandhausorchester Leipzig, Barbara Schlick, Christoph Prégardien, Klaus Mertens, Georg Christoph Biller | | 1 |
| 1999 | Cantates, BWV 82 / 49 / 58 | Johann Sebastian Bach; Nancy Argenta, Klaus Mertens, Marcel Ponseele, Hidemi Suzuki, Pierre Hantaï, La Petite Bande, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 2000 | Christmas Oratorio, Cantatas 1 - 5 | Gottfried Heinrich Stölzel; Britta Schwarz, Henning Voss, Jan Kobow, Klaus Mertens, Weimarer Barock-Ensemble, Ludger Rémy | | 1 |
| 2002 | Ein deutsches Requiem | Johannes Brahms; Siri Karoline Thornhill, Klaus Mertens, Bremer Domchor, Kammer Sinfonie Bremen, Wolfgang Helbich | | 1 |
| 2003 | Matthäuspassion 1754: Danziger Passion TWV 5:53 | Telemann; Martin Klietmann, Klaus Mertens, Kammerchor Cantamus Halle, Männerchor bouquet vocalis halle, Capella Savaria, Pál Németh | | 1 |
| 2003 | Vom Sein oder nicht Sein: Notturno, op. 47 / Hamlet-Fragmente | Othmar Schoeck, Ruth Zechlin; Klaus Mertens, Minguet Quartett | | 1 |
| 2005 | Dresden 1652 | Christoph Bernhard, Christian Herwich; Klaus Mertens, Hamburger Ratsmusik | | 1 |
| 2006 | Bass Cantatas | Georg Philipp Telemann; Klaus Mertens, Il Gardellino | | 1 |
| 2006 | Cantatas: Kantaten aus dem Harmonischen Gottesdienst | Telemann; Klaus Mertens, Ingrid Schmithüsen, Il Concertino Köln | | 1 |
| 2008 | Semele | George Frideric Handel; Joachim Carlos Martini, Junge Kantorei, Frankfurt Baroque Orchestra, Scholl, Schmidt, Popken, Schwarz, Markert, Schoch, Mertens | | 1 |
| 2008 | Elegie, op. 36 | Othmar Schoeck; Klaus Mertens, Mutare Ensemble, Gerhard Müller-Hornbach | | 1 |
| 2009 | Lobt Gott ihr Christen allzugleich: Baroque Bass Cantatas | Klaus Mertens, Accademia Daniel, Shalev Ad-El | | 1 |
| 2010 | Alexander's Feast or The Power of Musick | Handel; Sämann, Schoch, Mertens, Junge Kantorei, Frankfurt Baroque Orchestra, Joachim Carlos Martini | | 1 |
| 2012 | Excerpts from: St. John Passion / Mass in B minor / St. Matthew Passion | Johann Sebastian Bach; René Jacobs, Isabelle Poulenard, Christian Fliegner, Marcus Schäfer, Klaus Mertens, La Petite Bande, Gustav Leonhardt, Sigiswald Kuijken | | 1 |
| 2012 | Theodora | Handel; Wieland, Schmid, Vitzthum, Schoch, Mertens, Junge Kantorei, Frankfurt Baroque Orchestra, Joachim Carlos Martini | | 1 |
| 2012 | Opera Omnia XVI-Vocal Works: Membra Jesu Nostri | Dieterich Buxtehude; Ton Koopman, Amsterdam Baroque Orchestra, Amsterdam Baroque Choir, Siri Karoline Thornhill, Dorothee Wohlgemuth, Patrick Van Goethem, Jörg Dürmüller, Klaus Mertens | | 1 |
| 2013 | Lieder & Oden | Lorenz Christoph Mizler; Klaus Mertens, Sibylla Rubens, Rudolf Lutz, Maya Amrein | | 1 |
| 2014 | Opera Omnia Works XVIII, Vocal Works 8 | Dieterich Buxtehude; Ton Koopman, Bettina Pahn, Dorothee Wohlgemuth, Klaus Mertens | | 1 |
| 2016 | Toccata: Toccatas & Motets | Johann Jakob Froberger; Bob van Asperen, Mieke van der Sluis, John Elwes, Klaus Mertens | | 1 |
| 2018 | Christmas Oratorios | Georg Philipp Telemann; Mauch, Pieper, Poplutz, Mertens, Kölner Akademie, Michael Alexander Willens | | 1 |
| 2021 | Musicalisches Lob Gottes: Cantatas • Fantasies for Viola da Gamba | Georg Philipp Telemann; Mields, Zumsande, Mertens, Hamburger Ratsmusik, Simone Eckert | | 1 |
| — | Brockes Passion | Gottfried Heinrich Stölzel; Constanze Backes, Dorothee Mields, Henning Voss, Knut Schoch, Andreas Post, Klaus Mertens, Florian Mehltretter, Kammerchor Michaelstein, Telemann-Kammerorchester Michaelstein, Ludger Rémy | | 1 |
| — | Christmas Oratorio, Cantatas 6 - 10 | Gottfried Heinrich Stölzel; Britta Schwarz, Henning Voss, Jan Kobow, Klaus Mertens, Weimarer Barock-Ensemble, Ludger Rémy | | 1 |
